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等电聚焦染色后考马斯亮蓝染色又称IEF考马斯亮蓝染色，一般与三氯乙酸溶液及脱色液联合使用，该染色液经过改良，不含有毒的甲醇，但含有刺激性气味的乙酸。

• 染色时如果把凝胶和染色液一起放置在微波炉中适当加热，可以大大加快染色速度。但加热时宜尽量避免沸腾，以免出现因暴沸而导致的凝胶碎裂。
  
• 脱色期间可以在脱色液中加入一片吸水纸，可以使部分染料吸附在吸水纸上，加快脱色；脱色时间过长也会导致蛋白条带的颜色变浅。
  
• 如果希望染色的背景更低，希望获得更加清晰的蛋白条带，可以加入适量的室温蒸馏水进行洗涤，通过蒸馏水洗涤可以进一步降低背景；在4℃蒸馏水中浸泡过夜可以获得背景更低，条带更清晰的条带；在次日对4℃蒸馏水浸泡过夜的已经进行了染色的凝胶再同前一天一样进行染色和洗涤可以进一步改善染色效果，获得更好的考染蛋白条带。
  
• 为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
  
• 试剂开封后请尽快使用，以防影响后续实验效果。

• 临用前，取适量的考马斯亮蓝染色液和硫酸铜溶液，按99:1的比例混合，即为IEF考马斯亮蓝染色液，即配即用。
  
• 等电聚焦电泳结束后，取凝胶放入5～10倍体积的20%三氯乙酸水溶液，置于水平或侧摆摇床上缓慢摇动30～60min。
  
• 倾去20%三氯乙酸水溶液，加入10倍体积的30%甲醇水溶液(含10%乙醇)，置于水平或侧摆摇床上缓慢摇动15～20min。
  
• 倾去30%甲醇水溶液(含10%乙醇)，加入新鲜配制的IEF考马斯亮蓝染色液，置于水平或侧摆摇床上缓慢摇动20min以上(胶厚度小于等于1mm)或1h以上(胶厚度大于1mm)。
  
• 倾去染色液，用蒸馏水冲洗。
  
• 加入适量常规脱色液，确保脱色液可以充分覆盖凝胶；推荐常规脱色液的配方是：40%乙醇、10%乙酸、50％蒸馏水。
  
• 置于水平或侧摆摇床上缓慢摇动，室温脱色4～24h，期间更换脱色液2～4次，直至蓝色背景基本上全部被脱去，并且蛋白条带染色效果达到预期，通常蛋白条带在脱色1～2h后即可出现。
  
• 完成脱色后把凝胶保存在水中，用于后续的拍照等，保存在水中的凝胶会发生溶涨；如需避免溶涨，可以把胶保存在含20%甘油水溶液中，长期保存可以制备干胶。